Gemeinde Mülligen
Das Dorf liegt im nordöstlichen Teil des flachen und fruchtbaren Birrfelds auf einer Schotterterrasse, südlich der Reuss. Unmittelbar am Flussufer fällt das Gelände steil ab, da sich der Fluss hier im Laufe der Jahrtausende in eine rund 40 Meter tiefe Schlucht eingegraben hat. Die Reuss bildet im Norden und Osten die Gemeindegrenze. Im Südwesten erhebt sich der Eiteberg (500 m ü. M.), an dessen Südseite der Weiler Trotte liegt (392 m ü. M.). Eine Kiesgrube prägt das Gebiet südlich des Dorfes.[6]
Die Fläche des Gemeindegebiets beträgt 316 Hektaren, davon sind 103 Hektaren bewaldet und 100 Hektaren überbaut.[7] Der höchste Punkt ist der Gipfel des Eitebergs auf 500 Metern, der tiefste liegt auf 335 Metern an der Reuss. Nachbargemeinden sind Birmenstorf im Norden und Osten, Birrhard im Süden, Lupfig und Hausen im Westen sowie Windisch im Nordwesten.
"Mülligen gefällt mir unaussprechlich. Diese ersten Stunden fliessen mit einer Ruh vorbei, die keinen Freuden, die ich in Zürich hatte ähnlich." Pestalozzi über Mülligen